O então presidente, general Ernesto Geisel, assinou em 1974 o decreto autorizando a cessão de duas faixas de terra à Superintendência do Desenvolvimento do Sul (Sudesul) que foram usadas na construção da eclusa do São Gonçalo, na época a cargo do Departamento Nacional de Obras e Saneamento (DNOS). O objetivo era evitar a salinização da Lagoa Mirim, quando do avanço das águas oceânicas pelo canal, possibilitando o controle da qualidade da água doce destinada a irrigação, consumo humano e pecuária. Por sua vez, a eclusa possibilita a navegação no Canal São Gonçalo.
Uma das faixas de terra situada na margem esquerda do canal estava localizada em Pelotas, a da margem direita pertencia ao município de Rio Grande. O DNOS tinha iniciado a obra em dezembro de 1973.
Barragem do Canal São Gonçalo e sua Eclusa são atualmente geridas pela Agência da Lagoa Mirim da Universidade Federal de Pelotas (ALM/UFPel). Esta foi a primeira grande obra nascida do Plano de Desenvolvimento da Bacia da Lagoa Mirim, desenvolvido pela Comissão Mista Brasileiro-Uruguaia para o Desenvolvimento da Bacia da Lagoa Mirim (CLM), instituída em 1963. A obra, concluída em 1977, foi inaugurada por Geisel.
Construída transversalmente ao canal, a barragem tem 245 metros de comprimento. Sua parte central possui 217 metros de extensão e 18 comportas com vão livre de 11,80 m e 3,20 m de altura. O coroamento da parte fixa da barragem fica na cota – dois metros e o topo das comportas fechadas atinge a cota nível superior a 1,20 metros. Sobre a barragem há uma ponte de serviço, apoiada em pilares com intervalo de 12,05 m, onde estão dispostos os guinchos para operação das comportas.
Fontes: jornal Diário Popular/Acervo Bibliotheca Pública Pelotense; site Coordenação de Comunicação Social da UFPel (http://ccs2.ufpel.edu.br)
